Étude de cas TGen
L'épidémie de 2020 de la pandémie de COVID-19 (SRAS-CoV-2) a uni le monde dans un combat commun, au premier rang desquels se trouvent les travailleurs médicaux, les chercheurs et les scientifiques. En tant qu'organisation dédiée à «mener des recherches révolutionnaires avec des résultats qui changent la vie», le Translational Genomics Research Institute (TGen), une filiale de City of Hope, fait partie de la communauté médicale mondiale qui cherche activement des moyens de traiter et d'éliminer le COVID. 19.
TGen est un institut de recherche basé en Arizona qui mène des recherches sur de nombreuses maladies humaines et formes de cancer depuis 2002. Pour aider à la lutte mondiale contre le COVID-19, TGen travaille à développer un ensemble de données centralisé et agrégé qui peut automatiquement extraire COVID 19 génomes séquencés et autres données connexes provenant de sources multiples. Cet ensemble de données peut aider à améliorer la recherche, l'analyse des données et à accroître la compréhension du génome viral.
DÉFI
- Absence d'un référentiel de données partagé sur le génome du SRAS CoV-2 et les métadonnées associées
- Processus d'analyse de données chronophages
- Difficultés à partager les connaissances entre chercheurs dans le monde
- Capacités d'infrastructure limitées pour exécuter divers flux de travail de calcul
SOLUTION
phoenixNAPla coutume Hardware-as-a-Service des solutions optimisées par les processeurs Intel Xeon Dual Gold 6258R, Intel NVMe (P4610) utilisant Intel VROC, les cartes réseau Intel et la mémoire persistante Intel Optane, augmentant la capacité de mémoire (128 Go de DRAM + 1536 Go Intel PMem); Produits commutateurs Ethernet programmables Intel® Tofino ™.
RÉSULTATS
- Traitement rapide des données avec Intel PMem par rapport à la RAM traditionnelle
- Plateforme centralisée pour l'accès et l'analyse des données mondiales
- Base de données intégrée pour une recherche plus efficace à l'échelle mondiale
- Infrastructure optimisée pour les charges de travail lourdes de calcul
« Passer au crible les données génétiques à la recherche d'informations utiles est crucial pour aider à apporter les traitements aux patients plus rapidement, et nous sommes ravis de travailler avec Intel en utilisant des technologies telles que la mémoire persistante pour accélérer non seulement le rythme de la découverte, mais notre capacité à trouver des réponses dans les données. . TGen est impatient de tirer parti de la mémoire persistante Intel pour accélérer les performances de la base de données génomique.“
Renforcement de la recherche COVID-19 avec une technologie de pointe Télécharger le PDF